流式細胞分析儀通過鞘液包裹技術讓細胞在液流中排成單列，依次通過激光檢測區；細胞受激光照射后產生前向散射光（反映細胞大小）、側向散射光（反映細胞內部復雜度），若細胞標記了熒光染料，還會激發出特定波長的熒光信號。這些光信號被光電探測器轉化為電信號，經計算機數字化處理后，就能精準獲取細胞的形態、表面分子表達等多維信息。